1、油水界面的控制问题
三相分离器沉降段的油水界面是否合理将直接影响油中含水、水中含油和油、水中含气量等指标。当油水界面过低时，虽原油停留时间延长，可改善脱水效果，但同时会造成出水含油高。油水界面的调节主要依靠手动调节水室液位调节筒。合理的油水界面通过现场调试，找出出油含水、出水含油指标随调节筒高度的变化规律，进而确定油水指标最佳的调节筒高度，最佳的油水界面位置随即确定。当油井来液物性发生变化时，需重新测试调节界面位置。2012年4月27日，坨二站计量工发现采油3队分离器出油含水在30%以上频繁大范围波动，同时，分离器出油量、出水量、分离器运行压力出现频繁大范围波动，而分离器处理总液量和气量平稳，未出现异常。在排除采油队来液问题后，清洗滤器、质量流量计，调节出油、出水反尔、分离器液位，调整破乳剂的投加量，均未解决问题。最终坨二站停运该分离器，进该分离器沉降段和水室检查，得知水室液位调节筒和调节筒的一根支撑变形，与虹吸管脱离，故通过水室液位调节阀无法进行液位调整，以此得出：分离器运行不正常的原因是水室液位调节筒变形，与虹吸管脱离。
2、液位自动调节机构问题
分离器正常运行过程中，油、水室液位是通过出油凡尔和出水反尔实现自动调节，但目前由于液位自动调节机构存在以下几大问题，对分离器运行产生影响。（1）浮子连杆机构强度不够。
坨二站三相分离器均是自投产之日长时间连续运行，浮子连杆机构易出现弯曲，从而造成油腔、水腔出现假液位或分离器阀卡死的现象。（2）浮子腐蚀穿孔或脱落。长期在油、水中浸泡，浮漂易腐蚀穿孔导致浮子浮不起来，甚至出现脱落现象，从而使出油、出水凡尔丧失液位调节功能，检查不及时会使三相分离器运行异常。（3）出油、出水凡尔阀芯活动不灵活或阀芯、阀座腐蚀、结垢杂物堵塞等，易造成气管线进液或油、水中带气等事故。
3、分离器底部积砂问题
三相分离器运行过程中，容器底部沿液流方向会有不同程度的积砂，尤其是沉降段积砂更为严重。大量积砂造成分离容积变小，缩小了沉降时间，甚至阻碍液体的正常流动，最终导致三相分离器无法正常运行。
4、磁翻板式液位计冬季易冻结的问题
坨二站三相分离器目前运行6台，共安装9套磁翻板液位计，分别显示分离器的油室和水室的液位，是分离器安全正常运行的主要设备。在冬季运行时，为防冻堵，原设计为电伴热保温。由于分离器区域为重点防火区域，用电伴热存在较大安全隐患。同时，电伴热每年连续运行4个月，耗电量较大。
